Разместилось оно в двухэтажном деревянном доме, арендованном у мещанской вдовы Устиньи Лыткиной, на углу улиц Екатерининской и Потанихи. На втором этаже располагались классы, вход в них был из холодных сеней, где мальчики снимали верхнее платье и обувь. На первом - квартира смотрителя. Классные комнаты были настолько тесные, что во время уроков ученики с трудом усаживались за скамьями, а на занятиях чистописания места хватало не всем. Мальчиков учили русскому, церковнославянскому, греческому и латинскому языку, географии, священной истории, нотному пению, грамматике и арифметике. Физические упражнения воспитанников состояли в летнее время в «ручной ходьбе по станку для развития мышц, лазанию по доске (наклонной плоскости) и скачки через барьер», а также в простых подвижных играх на свежем воздухе – «бабки», «лунки», «шарком» и «перья».

Так как изначально общежития не было, ученики квартировались в домах духовных лиц и мещан, вплоть до 1871 года. По решению Каргопольского духовенства, в том году был куплен дом у Петра Мишурина, для казеннокоштных учеников, он был двухэтажный, деревянный, располагался на углу Екатерининской и Каменки.

В духовных училищах, по наблюдениям смотрителей, выявлялась проблема значительной разницы между городскими и сельскими детьми. Например, многие из деревенских детей считали «городской затеей умываться по утрам». Наставникам приходилось учить их мыть руки и лицо, быть опрятными, следить за чистотой в общежитии и квартирах, где они проживали.

В 1874 году было принято решение о строительстве нового здания, но средств на это не было. Только, спустя 6 лет, правление духовного училища приобрело место земли на углу Потанихи и Благовещенской улиц. В 1882 году двухэтажное, деревянное на каменном фундаменте здание, было освящено. Но простояло оно недолго, через 8 лет все здания училища были уничтожены огнём. До 1897 года ученики занимались на окраине города, а затем въехали в новое одноэтажное кирпичное здание. Спустя ещё 3 года было отстроено и общежитие.

Ликвидировано училище было в 1918 году, в ходе «отделения школы от Церкви».